Tất cả mọi người, mọi lứa tuổi nếu chưa có miễn dịch với virus viêm não Nhật Bản đều có thể bị mắc bệnh. Tuy nhiên, bệnh viêm não Nhật Bản chủ yếu gặp ở trẻ em dưới 15 tuổi, tỷ lệ mắc bệnh cao nhất ở nhóm trẻ 5-9 tuổi. Theo thống kê, trẻ từ 0 đến 14 tuổi chiếm đến 75% các trường hợp tử vong.

Người lớn cũng có nguy cơ mắc bệnh và gây biến chứng nếu chưa từng được tiêm chủng trước đây và có thể bị nhiễm virus khi đi du lịch, lao động, công tác vào vùng lưu hành bệnh Viêm não Nhật Bản.