Ở Việt Nam, viêm não Nhật Bản được ghi nhận lần đầu tiên vào năm 1952. Bệnh lưu hành trên cả nước, loài muỗi Culex (muỗi ruộng) truyền bệnh xuất hiện nhiều nhất ở miền Bắc và tỷ lệ phổ biến thấp hơn ở miền Nam, tăng nhiều vào những tháng thuộc mùa nóng. Các ổ dịch phần lớn tập trung ở những vùng trồng nhiều lúa nước kết hợp với chăn nuôi lợn hoặc vùng trung du bán sơn địa có trồng nhiều hoa quả và nuôi lợn. Muỗi Culex có mật độ cao ở các vùng đồng bằng và trung du, sinh sản mạnh nhất là vào mùa hè và hoạt động mạnh vào buổi tối.

Theo giám sát giám sát dịch tễ, bệnh phổ biến từ tháng 5 đến tháng 7 là mùa muỗi hoạt động nhiều cũng là mùa chim đến ăn quả chín. Trong số các loài động vật sống gần người, lợn được coi là nguồn truyền nhiễm quan trọng nhất vì tỷ lệ lợn bị nhiễm virus viêm não Nhật Bản trong vùng dịch rất cao (khoảng 80% đàn), và phạm vi lợn nuôi tại các hộ gia đình rất lớn (tập trung ở nông thôn).