Sốt cao, co giật, hôn mê là 3 triệu chứng viêm não Nhật Bản điển hình nhất của viêm não Nhật Bản. Tuy nhiên, những dấu hiệu này thường chỉ xuất hiện từ ngày thứ 3 trở đi và đến lúc này thì đã muộn: “Có những trường hợp viêm não ác tính thì chỉ trong 24 giờ, bệnh nhân co giật hôn mê rồi ngừng thở, ngay cả thở máy lúc đấy cũng không còn hiệu quả, vì đã bị hoại tử não dẫn đến chết não”.
Sau khi virus JEV xâm nhập vào cơ thể, thì não và hệ thần kinh trung ương của người bệnh sẽ xuất hiện nhiều tổn thương theo từng giai đoạn, cụ thể: