Có khá nhiều nguyên nhân dẫn đến tình trạng táo bón ở trẻ em, trong đó được chia ra làm hai nguyên nhân chính: nguyên nhân thực thể (chiếm khoảng 5%) và nguyên nhân chức năng (chiếm khoảng 95%).

Nguyên nhân thực thể
Thực thể là nguyên nhân liên quan đến các vấn đề như: cường giáp, thần kinh cơ ổ bụng, ruột,...

Trẻ bị bệnh cường giáp: Bệnh thường làm giảm hoạt động của các cơ ruột cùng với một số triệu chứng khác.
Bệnh phù đại tràng bẩm sinh: Trẻ thường nhẹ cân hơn với bình thường, có các triệu chứng nôn mửa, đi đại tiện kích thước nhỏ.
Bệnh đái tháo đường: Trẻ em mắc phải bệnh tiểu đường cũng có thể gặp tình trạng táo bón.
Các bệnh liên quan đến hệ thần kinh như: bại não, chậm phát triển tâm thần, bệnh lý cột sống,... cũng có thể gây ra táo bón.
Nguyên nhân chức năng
Thường gặp ở những trẻ nhịn không chịu đi ngoài, càng nhịn thì phân trong ruột càng lâu khiến trẻ đi ngoài khó khăn và có thể dẫn đến táo bón mãn tính.
Trẻ sơ sinh được cho ăn đặc lần đầu tiên sau khi cai sữa thường dễ táo bón do mất nguồn cung cấp nước.
Thành phần protein có trong sữa công thức là nguyên nhân khiến trẻ bị táo bón.