Bệnh chân tay miệng ở trẻ em nếu được phát hiện sớm và điều trị kịp thời thường không dẫn đến các biến chứng nguy hiểm. Một vài trường hợp phát hiện trễ, bệnh có thể gây ra một số biến chứng nguy hiểm, bệnh gây lở loét trong miệng và cổ họng khiến cho việc ăn uống trở nên đau rát và khó khăn. Một dạng bệnh tay chân miệng hiếm gặp gây ra các biến chứng như:

• Viêm màng não do virus: đây là một bệnh nhiễm trùng và viêm hiếm gặp ở màng não và dịch não tủy bao quanh não và tủy sống.
• Viêm não: một căn bệnh nghiêm trọng, có khả năng đe dọa đến tính mạng. Biến chứng này rất hiếm gặp.
• Viêm cơ tim: cũng có thể xảy ra mặc dù tỷ lệ rất thấp.

Đối với phụ nữ mang thai, bên cạnh nguy cơ gặp các biến chứng trên, bệnh còn có thể khiến quá trình mang thai bị ảnh hưởng như sảy thai, thai chết lưu hay dị tật bẩm sinh. Do vậy, phụ nữ mang thai cần đặc biệt cẩn thận khi tiếp xúc với người đang bị tay chân miệng.